在备份和还原系统时，Linux 基于文件的性质成了一个极大的优点。在 Windows 系统中，注册表与系统是非常相关的。配置和软件安装不仅仅是将文件放到系统上。因此，还原系统就需要有能够处理 Windows 这种特性的软件。在 Linux 中，情况就不一样了。配置文件是基于文本的，并且除了直接处理硬件时以外，它们在很大程度上是与系统无关的。硬件驱动程序的现代方法是，使它们以动态加载的模块的形式可用，这样内核就变得更加与系统无关。不同于让备份必须处理操作系统如何安装到系统和硬件上的复杂细节，Linux 备份处理的是文件的打包和解包。
一般情况下，以下这些目录是需要备份的：
· /etc
包含所有核心配置文件。这其中包括网络配置、系统名称、防火墙规则、用户、组，以及其他全局系统项。
· /var
包含系统守护进程（服务）所使用的信息，包括 DNS 配置、DHCP 租期、邮件缓冲文件、HTTP 服务器文件、db2 实例配置，等等。
· /home
包含所有用户的默认用户主目录。这包括他们的个人设置、已下载的文件和用户不希望失去的其他信息。
· /root
是根（root）用户的主目录。
· /opt
是安装许多非系统文件的地方。IBM 软件就安装在这里。OpenOffice、JDK 和其他软件在默认情况下也安装在这里。
有些目录是应该考虑不 备份的。
· /proc
应该永远不要备份这个目录。它不是一个真实的文件系统，而是运行内核和环境的虚拟化视图。它包括诸如 /proc/kcore 这样的文件，这个文件是整个运行内存的虚拟视图。备份这些文件只是在浪费资源。
· /dev
包含硬件设备的文件表示。如果计划还原到一个空白的系统，那就可以备份 /dev。然而，如果计划还原到一个已安装的 Linux 系统，那么备份 /dev 是没有必要的。
其他目录包含系统文件和已安装的包。在服务器环境中，这其中的许多信息都不是自定义的。大多数自定义都发生在 /etc 和/home 目录中。包括：
在 UNIX 或 Linux 系统中，大部分系统配置文件位于 /etc 目录，但是您应该考虑对所有可能的文件（以及可能的位置）进行备份，具体包括：
DNS 域信息 (/var/bind) ；
NIS/NIS+ 文件和配置 (/var/yp)
Apache 或其他 Web 服务器配置（/var/apache、/etc/apache 或 /usr/local/apache） ；
邮件文件或文件夹（/var/mail 和 /usr/mail）
Lightweight Directory Access Protocol (LDAP) 服务器数据（/var/ldap 或 /usr/local/ldap） ；
安全证书 ；
自定义内核驱动程序 ；
内核配置或构建配置和参数 ；
许可密钥和序列号 ；
自定义脚本和应用程序 ；
用户/root 登录脚本 ；
邮件配置；特别是，如果您使用了像 Cyrus Internet Message Access Protocol (IMAP) 这样的解决方案，其中对用户邮件文件夹进行了特殊的记录和索引。